1999년 1월 체결된 신한일어업협정으로 독도영토주권의 배타성이 근본적으로 훼손되었다. 지금 독도는 위기의 진상이 감춰진 때 일본영토 다케시마로 넘어가고 있다. 이대로 보고만 있으면 독도는 일본영토로 바뀐다.독도본부는 이런 영토위기를 해결하고자 2000년 출범해서 신한일어업협정의 폐기와 전면무효화를 위해 모든 힘을 쏟고 있다. 그동안 신한일어업협정의 문제점을 국제법적인 시각에서 분석한 학술토론회를 비롯하여 독도위기 강좌, 도서발간,각종 문화행사,대국민홍보 등을 통하여 독도위기를 알리고 전국민의 독도에 대한 지속적인 관심과 영토의식을 고취시키고자 노력하고 있다.